Чем для монтажной организации обернется замена ответвительных коробок с металлических (указанных в проекте) на пластиковые???

А это зависти от двух вещей:
1.Нет ли ограничений запрещающих применять пластиковые коробки(сам пока такие не встречал) в данном к конкретном помещении.
2. Как повезет с заказчиком, может заставить Вас согласовывать данное решение с проектной организацией или переделать так как по проекту.(сами сейчас мучаемся с такой же ерундой: у постановщиков оборудования не было автоматов нужного производителя, заказчик и проектная организация устно согласовали на замену производителей автоматов, пришло время сдавать объект, а теперь говорят не было такого, вносите изменения в проектную документацию или делайте в соответствие с проектом).

А при глубокой проверке будут сверяться используемые приборы\материалы и проектные, чем больше отклонений от проекта, тем больше возможностей инспектору до***ться.
Для монтажной может и ни чем не обернуться, если примут, а для владельца в дальнейшем...в общем выше написал.